Alquimia, numerología, ciencias ocultas, criptas y túneles inéditos son algunos de los secretos del templo. Los grandes monumentos, en especial las catedrales, encierran misterios insondables. La de León, marcada por el estigma de una ruina catastrófica, contiene enigmas que expertos, arquitectos e historiadores han sido incapaces de aclarar desde una perspectiva científica.
No todos los misterios han sido tan fáciles de resolver como el del topo que destruía por la noche lo que los maestros constructores levantaban de día. Como casi todas las leyendas, el topo no es más que una metáfora de la debilidad de un templo que estuvo a punto de desplomarse en el siglo XIX y que, aún hoy, es un milagro que siga en pie. La Catedral se erigió en un solar ocupado por varias construcciones sucesivamente superpuestas en el tiempo, lo que condujo a reaprovechar los cimientos anteriores. Sin embargo, el templo gótico superaba ampliamente, en planta y alzados, a los primitivos edificios -las termas romanas y la catedral románica-. Para algunos expertos, este empeño en construir en este enclave obedece a que se trata de un punto telúrico, un lugar donde hay corrientes electromagnéticas.
Magos y alquimistas.
Las vidrieras de la Catedral, el mejor conjunto medieval de Europa, han enfrentado a los expertos sobre un tema crucial: ¿se realizaron siguiendo un plan global?
En los vitrales no sólo está representada la historia de la creación y los relatos del Antiguo Testamento -desde Adán y Eva al diluvio universal, Moisés o Sansón-, sino que hay temas mundanos. El historiador José Manuel Rodríguez Montañés, 
responsable de El Sueño de la Luz, el proyecto de divulgación de la actual restauración de la Catedral, considera fascinante que algunas de las vidrieras más luminosas son aquellas en las que se utilizó el amarillo de plata en el siglo XIV, un compuesto que se conocía un siglo antes y que es el resultado fallido de intentar convertir nitrato de plata en oro; es decir, el arte secreto de la alquimia. De hecho, en una de las vidrieras de la fachada sur aparece representado un alquimista con su matraz.
Los poderes ocultos están también presentes en mucha de la iconografía de la Catedral. Las propias gárgolas, según ha escrito la experta Ángela Franco, conservadora del Museo Arqueológico Nacional, «se inscriben en el marco general de la fantasía de los terrores medievales».
Mitra, Ra y dioses maléficos
En la Catedral de León parecen convivir varios dioses. Hay más de una alusión al dios Mitra, culto que había desaparecido muchos siglos antes de la construcción del templo, y cuyo -rastro- aparece esculpido junto a la capilla del Carmen.
En el edificio también es posible encontrar al demonio Bafomet, un símbolo templario. Existe un bifaz bafomético en una ménsula del lado sur de la Catedral también conocida como la -cara que siempre mira-; y otro Bafomet en la puerta de la capilla de Santiago.
El complejo termal sobre el que se asienta la Catedral tendría en su día un ninfeo o santuario de culto a las Ninfas y otras divinidades curativas.
Ocultismo
El historiador leonés Gerardo Boto, profesor de Historia del Arte Medieval en la Universidad de Gerona, en un estudio sobre las enjutas de las capillas de la Catedral llama la atención sobre la sorprendente cantidad de jugadores de dados que aparecen en el templo. Fue tal la pasión por este juego que trascendió al folclore, como da cuenta la portada norte de la propia Catedral, conocida desde hace siglos como Puerta del Dado. El nombre alude a un milagro: un soldado de Flandes, jugador y borracho, una noche de mala suerte arrojó los dados a la Virgen e impactaron en la frente del Niño, que comenzó a sangrar.
El juego de dados también está inmortalizado en una conocida vidriera de Nicolás Francés para la fachada septentrional, donde incluye una escena de taberna. Para algunos estudiosos los dados aluden a ciertos ritos ocultistas. No es el único juego presente en el templo, cuya planta es un damero perfecto. Juan Carlos Campos, el experto que descubrió los petroglifos de la Maragatería, ha localizado en la Catedral una decena de alquerques, antiguos tableros de juego tallados en las losas del claustro. El alquerque es un juego más antiguo que el ajedrez, las damas y el tres en raya.
Medidas y numerología.
Las distancias entre elementos arquitectónicos en el interior del recinto no son casuales, los constructores emplearon el famoso número de oro. Se trata de un número algebraico irracional (decimal infinito no periódico) que posee muchas propiedades interesantes y que fue descubierto en la antigüedad, no como unidad, sino como proporción entre segmentos de rectas. Por el contrario, algunos historiadores consideran que la medida utilizada en la construcción de la Catedral de León fue el pie carolingio (equivalente a 32,16 centímetros), mientras que en la de Burgos, por ejemplo, se empleó el pie castellano (27,86 centímetros).
Un personaje curioso es el green man (hombre verde), que aparece en el pórtico principal y en otros lugares. Es una creación extendida en la Edad Media y según el investigador M. MacDermott contiene vinculaciones con la India. Se trata de una cabeza humana rodeada de follaje y tallos que salen de su boca y de su nariz. En muchos lugares, incluida la sillería del coro, hay decenas de seres fantásticos y mitológicos: sirenas-ave, tritones, centauros, dragones, arpías con cabeza masculina o basiliscos.
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